A pesar del gran golpe sufrido sólo empezar la nueva etapa, la primera temporada de Javier no fue nada discreta. Incluso logró el premio EFE a mejor jugador sudamericano de la Liga y fue incluido en la lista de 50 candidatos a Balón de Oro. Sin contar con la confianza del técnico (Rexach) y no ser titular hasta pasada media liga (hasta entonces solo jugaba los partidos de local), consiguió la nada despreciable cifra de 17 goles, más 4 en la competición europea. Además fue determinante en muchos encuentros, cómo frente al Panathinaikos. Ese día, con su gol, el Barça accedió a Semifinales de la máxima competición europea. Sin embargo, su buen rendimiento no pareció suficiente para el seleccionador argentino, Marcelo Bielsa, quien no lo incluyó en la lista de convocados para el Mundial 2002 disputado en Corea y Japón. Fue motivo de fuertes críticas.

Su segundo año de blaugrana no empezó muy bien con el estático esquema de Van Gaal. Perdió la titularidad y tan sólo marcó dos goles en la primera mitad de liga. En la segunda vuelta, con la llegada de Antic, el Conejo renació e hizo 11 dianas en 17 partidos de liga. Además, en total, marcó 7 en la Champions League. Su aportación fue necesaria para alcanzar el objetivo mínimo, la clasificación para la siguiente Copa de la UEFA.

La tercera temporada pareció un clon de la anterior. Una primera vuelta donde tuvo que convencer al nuevo técnico, Frank Rijkaard, y una segunda con un exclente rendimiento (de nuevo 11 goles). En el conjunto de  todas las competiciones logró 19. Esta temporada (considerada de "transición" por el cambio de Presidente y del club en general) fue la mejor del equipo desde su llegada. Tras quedar 4tos con apuros y 6tos también por los pelos, esta vez se logró el subcampeonato, La remontada de la segunda vuelta fue espectacular, y mucho tuvieron que ver los goles de Javier. Pero el Pibe había llegado al mejor sitio en el peor momento.

Fuera del fútbol pero no del club, las cosas no fueron fáciles ese año. En plena temporada tuvo que enfrentarse en un juicio a Joaquín Martínez y Orlando Jiménez, que reclamaban una comisión por el traspaso del jugador al club catalán, argumentando que fueron los primeros en presentar al futbolista a la junta anterior. Las incongruencias en sus declaraciones fueron decisivas para que el juicio fallara a favor de Saviola, que no tuvo que compensarles económicamente. Por si fuera poco, el alto contrato firmado por la junta anterior y la tardía y precio de la nacionalización le costaron algún que otro roce con la directiva. Sin convencer plenamente al cuerpo técnico, que contrató varios delanteros, fueron muchos los clubes españoles y europeos que, aprovechando esta desaveniencia, hicieron llegar sus ofertas para contratar al argentino.

Con tan solo 7 de días de "vacaciones", las cuales pasó recuperandose de una lesión, Saviola fue convocado para la Copa América de Perú. La competición no pudo empezar mejor, ya que era el delantero titular y marcó 3 goles en el primer partido, frente a Ecuador (6-1) siendo la figura del encuentro. Sin embargo, en el siguiente partido, contra a México, el Pibito sufrió un golpe que le sacó del equipo para los 3 siguientes partidos. Esto permitió a otros delanteros desbancarlo del primer puesto del ránking de goleadores. Argentina se clasificó para la final, contra Brasil, con Saviola ya recuperado. Pero el equipo había actuado bien en su ausencia y el Pibe tuvo que ver la final desde el banquillo. La albiceleste fue muy superior durante todo el partido pero, ya en el descuento, un gol de Brasil, el 2-2, llevó a la tanda de penalties. Y ahí, Brasil fue superior. Argentina se quedaba con la miel en los labios.
Una vez terminada la competición, y sin tiempo para descansar, el Pibe fue citado para los Juegos Olímpcos de Atenas. Javier cumplía así uno de sus sueños: participar en unas olimpiadas. El conjunto albiceleste no tuvo rival (un dato: consiguió 17 goles a favor y ninguno en contra) y se proclamó campeón, por primera vez en su historia, tras derrotar 1-0 a Paraguay. La participación de Saviola en este campeonato fue discreta, yendo de más a menos en cuanto a minutos. Pero aún así consiguió marcar un gol, frente a Túnez. Todavía resentido de su anterior lesión, nada pudo hacer para ganarse un puesto en el once titular.

De esta manera, Javier se perdió toda la pretemporada con su club, el Barcelona, lo que propició que tanto directiva como cuerpo técnico programaran el siguiente año sin contar con él. Pese a lograr la nacionalidad española tan solo regresar a España y con tiempo suficiente para su inscripción en la Liga, el club decidió cederlo, por una temporada y sin opción de compra, al AS Mónaco, equipo subcampeón de Europa y que había insistido durante semanas en su contratación. El Pibe comenzaba así una nueva etapa.