A Saviola, ya consolidado en Primera, le faltaba dar el paso definitivo. Y fue en el Mundial sub'20 disputado en Argentina, donde puso el mundo a sus pies. El seleccionador, José Pekerman, tenía una gran experiencia en este tipo de campeonatos. Sólo la España de Gabri y Xavi habían roto la hegemonía de la 'celeste' en las selecciones inferiores. Fue en Nigeria'99, campeonato que Javier no pudo jugar porque River no le autorizó. Ya era imprescindible en el equipo.

Pekerman tenía la obligación de ganar un campeonato disputado en casa. El combinado, formado entre otros por Saviola, Coloccini, Julio Arca y D'Alessandro, significó la primera vez que el Pibito no era el más pequeño del grupo. Al contrario, ahora era de los más experimentados. El clima del grupo era espectacular, y la prensa los apodó 'Los fabulosos Pekerboys'.

La liguilla de la primera ronda la pasaron sin muchos problemas. Saviola no marcó en el partido inaugural, contra Finlandia, pero le hizo tres goles a Egipto y dos a Jamaica. Ya en octavos, Argentina se enfrentó a China en el que fue el peor partido de la 'celeste'. Pero consiguió pasar de ronda y acceder a cuartos, donde se encontró con el rival más complicado, Francia, con hombres como Mexes y Cissé en sus filas. En el partido más comprometido, Saviola estuvo espléndido y él solito clasificó a Argentina para semifinales. Marcó los tres goles de su equipo. Era, además, su segundo hat-trick del campeonato. De esta forma igualaba la marca de ocho goles de Ramón Díaz, su entrenador en River, establecida en el Mundial de Japón del 79, que Argentina ganó con Maradona como figura.

La racha de Saviola no se estancó y en semifinales marcó dos goles contra Paraguay, partido que acabó con un claro 5-0. Iban a la final por la puerta grande. A estas alturas, Javier ya sumaba 10 goles y había igualado el máximo registro de la historia de los mundiales sub'20.

En la final Saviola, con el brazalete de capitán (Coloccini estaba sancionado), no falló. El rival era Ghana, las gradas estaban a reventar (40.000 personas) y el colegiado era el español Mejuto González. A los cinco minutos Diego Colotto puso el 1-0 y, a los trece, Saviola, de cabeza, consiguió subir el 2-0 al marcador. Era el onceavo gol de Saviola en el torneo, lo que le convertía en un jugador único en el mundo, el máximo goleador sub'20 de todos los tiempos. Maxi Rodríguez sentenció al marcar el 3-0. Saviola recogió con Coloccini el título de campeón del mundo. Lo besaron y lo alzaron.

No acabaron aquí los galardones que tuvo que recoger al final del partido. Recibió la Bota de Oro como máximo realizador del campeonato y el Balón de Oro que le entregó la FIFA como mejor jugador del torneo, una distinción que, entre los argentinos, solo registraba Maradona, en Japón'79. Era además, el cuarto jugador en la historia de los Mundiales sub'20 que conseguía al mismo tiempo los dos galardones. La prensa mundial se volcó en elogios:
- Clarín: "El 'pibito' nos dio una alegría a todos y le damos las gracias a él y al equipo"
- L'Equipe: "A esta pequeña maravilla del fútbol ya se le puede comparar con Maradona"
- La Gazzetta dello Sport: "Por su técnica se asemeja a Michael Owen y por su juego, al madridista Raúl"
- Sport: "Saviola ya es único"

Saviola, ajeno a todo esto, se fue de vacaciones a Punta Cana. Necesitaba descansar tras dos años de intensas celebraciones. Fue una semana de respiro entre una alegría y otra, la que le había deparado ser campeón del mundo y la de pasar a ser una estrella en Europa, en el Camp Nou.